EDP ishte një fazë e rëndësishme për të qartësuar dhe evidentuar ndër fushat prioritare me potencial të identifikuara gjatë mapping, ato të cilat kanë një potencial më të spikatur ku investimi në inovacion dhe teknologji do të përbënte një vlerë të shtuar për zhvillimin ekonomik. Peizazhi i secilit sektor, i plotësuar nga njohuritë e fituara përmes EDP, ofroi një vizion të rafinuar nga kontributet e palëve të interesit duke finalizuar fushat prioritare vertikale dhe ndërsektoriale të S3 si vijon:

Fushat prioritare vertikale:

1. Energjia e Rinovueshme dhe Burimet Natyrore
Duke shfrytëzuar vendndodhjen e saj gjeografike të favorshme dhe burimet natyrore të bollshme, Shqipëria ka bërë hapa të rëndësishëm për shfrytëzimin e energjisë së rinovueshme për të përmbushur nevojat e saj për energji. Ky sektor është konsideruar si një fushë kyçe për zhvillimin e specializimit inteligjent, duke synuar rritjen e prodhimit të energjisë së rinovueshme dhe sigurinë energjetike, duke promovuar përdorimin e burimeve të rinovueshme dhe zhvillimin e teknologjive inovative.

• Vizioni: Shqipëria synon të jetë lider rajonal në sektorin e energjisë së rinovueshme, duke garantuar shfrytëzimin dhe menaxhimin e përgjegjshëm të burimeve të natyrshme, duke nxitur qëndrueshmërinë mjedisore dhe rritjen e konkurueshmërisë ekonomike.
• Nënsektorët:

-          Energjia e rinovueshme;

-          Lëndët e para;

-          Ruajtja e Mjedisit/Menaxhimi i Qëndrueshëm i Pyjeve. 

2. Turizmi i Qëndrueshëm dhe i larmishëm
Turizmi i qëndrueshëm dhe i larmishëm u identifikua si një tjetër fushë jetike për Shqipërinë, duke kontribuar ndjeshëm në rritjen e saj ekonomike dhe duke ofruar mundësi të shumta punësimi dhe zhvillimi rajonal. 
Duke njohur potencialin brenda nën-sektorëve të veçantë, kuadri S3 thekson investimet strategjike dhe përpjekjet promovuese në fusha të tilla si trashëgimia kulturore dhe traditat, turizmi shëndetësor, kulinaria e  kombinuara me bujqësinë dhe sigurinë ushqimore, si dhe turizmin natyror dhe rural, i cili përfshin agroturizmin, turizmin e aventurës dhe atë sportiv.

• Vizioni: Transformimi i Shqipërisë në një destinacion turistik kryesor, duke ofruar përvoja autentike dhe të qëndrueshme, duke ruajtur trashëgiminë kulturore dhe pasuritë natyrore për brezat e ardhshëm.
• Nënsektorët:

-          Turizmi i trashëgimisë kulturore dhe traditës;

-          Turizmi shëndetësor dhe i mirëqenies;

-          Agroturizmi dhe përvojat nme produktet nga ferma në tryezë;

-          Ekoturizmi dhe zhvillimi i qëndrueshëm i turizmit.

3. Zinxhiri Ushqimor i Shëndetshëm dhe i Qëndrueshëm
Bujqësia është një sektor kyç për stabilitetin ekonomik dhe sigurinë ushqimore në Shqipëri. Me fokus në zhvillimin e zinxhirit ushqimor të qëndrueshëm dhe organik, Shqipëria ka mundësi të rrisë vlerën e shtuar dhe të kontribuojë në zhvillimin e qëndrueshëm të sektorëve të agropërpunimit dhe sigurisë ushqimore.

• Vizioni: Zhvillimi i bujqësisë organike dhe të qëndrueshme për të ofruar ushqim të shëndetshëm dhe për të mbështetur zhvillimin e qëndrueshëm të sektorëve të agropërpunimit.
• Nënsektorët:

-          Bujqësia organike e qëndrueshme dhe certifikimi;

-          Përpunimi i ushqimit dhe produktet me vlerë të shtuar

-          Peshkimi dhe akuakultura e qëndrueshme;

-          Prodhimi i bimëve aromatike medicinale (BAM), vajrave dhe ekstrakteve.

Fushat Prioritare Ndërsektoriale

Përveç fushave prioritare vertikale, janë identifikuar disa fushat prioritare horizontale që janë thelbësore për zhvillimin e fushave vertikale por dhe për krijimin e kushteve dhe mjedisit të përshtatshëm e të favorshëm për rritjen inteligjente të ekonomisë në vend si vijon::

1. Kapitali Njerëzor 
Kapitali njerëzor është konsideruar nga të gjithë aktorët e përfshirë në përgatitjen e S3 si një aspekt kyç për përparimin e ekonomisë në vend dhe zhvillimin e saj inteligjent Ky prioritet përfshin disa nënprioritete si:

• Avancimi i edukimit – nxitja e inovacionit dhe gatishmërisë për tregun e punës, përmes digjitalizimit dhe modernizimit të kurrikulës;
• Fuqizimi i të rinjve dhe mbajtja e talenteve;
• Angazhimi i diasporës – nxitja e kapitalit njerëzor, teknologjisë dhe kulturës.

2. Infrastruktura Digjitale dhe Ndërlidhja (Konektiviteti)
Infrastruktura digjitale dhe integrimi me rrjetet ndërkombëtare janë të domosdoshme për përmirësimin e efikasitetit dhe promovimin e inovacionit. Shqipëria mund të përshpejtojë integrimin e saj në rrjetet digjitale evropiane dhe të krijojë mundësi të reja për zhvillim ekonomik dhe sociale përmes teknologjive të avancuara.

3. Zhvillimi i Kërkimit dhe Inovacionit për Rritje Inteligjente

Kërkimi Shkencor dhe Inovacioni, janë elementë kyç për nxitjen e rritjes së qëndrueshme ekonomike dhe përmirësimin e konkurrueshmërisë. Duke vlerësuar ndikimin transformues të këtyre sektorëve, strategjia synon një qasje gjithëpërfshirëse të orientuar drejt ndërtimit të një ekosistemi që ushqen inovacionin dhe kërkimin shkencor. Përmes zhvillimit të Kërkimit dhe Inovacionit, Shqipëria synon të afrohet më shumë me standardet kërkimore evropiane, të tërheqë talente ndërkombëtare dhe të zhvillojë sektorë ekonomikë që mund të gjenerojnë produkte me vlerë të shtuar të lartë. Ky fokus strategjik është thelbësor jo vetëm për të arritur përparim teknologjik, por edhe për të siguruar që vendi të mbetet konkurrues në një ekonomi globale gjithnjë e më shumë e bazuar në njohuri.

Duhet theksuar se fushat prioritare vertikale dhe horizontale ndërlidhen në mënyrë të konsiderueshme me njëra tjetrën dhe ndarja e masave dhe aktiviteteve të një fushë prioritare ka lidhje të ndërsjelltë me fushat e tjera dhe shpesh përfshirja e aktiviteteve në një fushë prioritare është konsideruar si ndarje konvencionale dhe jo domosdoshmërisht e lidhur vetëm me atë prioritet. Kjo bëhet më e qartë nëse shihet përfshiran e aktorëve të ndryshëm në secilin aktivitet të parashikuar në planin e veprimit të S3.